我用过的不多，整体感觉是这样的
jbuilder适合新手使用，因为很多的向导很方便，支持很多as,缺点是速度不够理想
ibm wsad其实就是eclpise，不过因为安装了太多的插件，速度也不理想，而且只是对
websphere支持比较好，不像jb,对weblogic,websphere等很多as都支持。
推荐用eclipse,不用安装，开源，根据自己的需要安装插件，调试方便，速度快，扩展性强。
其实做java的开发，工具是在是太多了，要根据自己的需要来定。我做过大概以下的项目，
几乎每一个项目的开发环境都是不一样的
1。linux + Apache + Tomcat + jsp/servlet + eclpise
2.linux + Apache + Weblogic + JSP/EJB + AS400/DB2/Oracle +JBuilder
3.AIX + Webshpere + Struts/EJB + AS400/DB2
其实都差不多，而且多数时候还要看客户的要求，因为这些db,as都是需要客户买的阿
